Der Ausschuss für Mutterschutz hat sich eine Geschäftsordnung gegeben, in der Aufgaben und Zusammensetzung des Ausschusses festgehalten sind und vor allem die Arbeitsweise des Ausschusses näher beschrieben ist. In der Geschäftsordnung sind zum Beispiel die Voraussetzungen für Beschlussfähigkeit und die Organisation der Sitzungen geregelt. Der Beschluss der Geschäftsordnung sowie Änderungen der Geschäftsordnung bedürfen der Zustimmung des Bundesministeriums für Familie, Senioren, Frauen und Jugend welches Einvernehmen mit Bundesministerium für Arbeit und Soziales (BMAS) und dem Bundesministerium für Gesundheit herstellt. Die Geschäftsordnung ist ausgerichtet an der Mustergeschäftsordnung der arbeitsschutzrechtlichen Ausschüsse des BMAS.